La lutte anticléricale reprit avec comme prélude, sous Waldeck-Rousseau, le procès intenté aux Assomptionnistes et la dissolution de leur congrégation en 1900. La loi de 1901 visait d’abord les ordres enseignants, mais aussi les possessions immobilières ou industrielles des religieux Salésiens et des Chartreux. Les congrégations ne peuvent plus être constituées sans autorisation législative. Dès le vote, les abbés cisterciens jugèrent urgent d’intervenir auprès du gouvernement. Ils déléguèrent Dom Jean-Baptiste Chautard, abbé de Sept-Fons, pour cette tâche difficile. La commission parlementaire était présidée par Georges Clemenceau. Une première rencontre eut lieu entre Dom Chautard et Clemenceau, avant une rencontre de la commission parlementaire au complet. Le rapport que Dom Chautard fit lui-même de cette rencontre étant très intéressante, fait l’objet d’un article séparé.
Grâce à cette intervention, les trappistes français ne furent plus englobés dans la lutte anticléricale, prélude de la dénonciation du Concordat, et amorce de la séparation de l’Eglise et de l’Etat. Notons toutefois que certaines communautés furent obligées de quitter leur monastère ou prirent les précautions nécessaires au cas où l’expulsion était prononcée.
On peut encore remarquer que, dans le projet de loi déposé devant le sénat en décembre 1902, le gouvernement reconnaissait les services rendus par le travail des moines cisterciens en ces termes : » Dans diverses localités où ils se sont établis, ces religieux ont rendu, soit en défrichant des terres, soit en assainissant des terrains insalubres, des services généralement appréciés. «